洁净实验室是一个全密封的房间，因此空调通风系统非常重要，目前洁净实验室的通风系统一般有3种，即直流式净化空调系统、全循环净化空调系统、部分循环式净化空调系统。这3种空调系统各有优缺点，当然其成本价格也有差异，各自的特点如下。
一、直流式净化空调系统
直流式净化系统就是不用回风循环系统，也就是直送直排系统，其能耗很大，采用这种系统时应充分考虑余热的回收。
直流式净化空调系统一般适用于有致敏性的生产工艺（如青霉素分装工艺）、实验动物房、生物安全洁净室以及可能形成交叉污染生产工艺的实验室。
二、全循环净化空调系统
全循环系统即无新风供给，也无排风的系统，一般适用于无人操作、值守的洁净室。
全循环系统这种系统没有新风负荷，很节能，但室内空气品质差，压差不好控制。
三、部分循环式净化空调系统
部分循环式净化空调系统，是洁净实验室工程最常用的系统形式，也就是有部分回风参与循环的系统。
在该系统中，新风和回风混合经处理送到无尘洁净室内，回风的一部分用于系统循环，另一部分被排走。该系统压差易于控制，室内品质较好，能耗介于直流式系统与全循环系统之间。
